Vlajková loď (Flagship) je vojenská plachetnice, která je užitečná v každé situaci. V závislosti na podmínkách stanovených při zahájení hry začne hráč s vlajkovou lodí nebo si ji bude moci koupit později od sira Archibalda Blakea. V případě, že hráčova vlajková loď bude zničena, může si také koupit novou za 5000 Mincí a 0 Vlivu, buď od sira Archibalda, nebo od Isabel Sarmento.

Vlajková loď je klamně silná a překvapivě vlastní druhou nejvyšší DPS běžných lodí. Díky své kombinaci plachet a parních strojů se může pohybovat stejně rychle jako Fregata s větrem nebo proti větrem se pohybovat úctyhodným tempem. Vyniká zpracováním úkolů díky svým všestranným dobrým vlastnostem, i když její užitečnost v Expedicích klesá poměrně rychle.

Varianty

Hráči, kteří si předobjednali jakoukoli verzi hry Anno 1800, mají možnost zvolit si jiný vzhled vlajkové lodi. Je to čistě vzhledové a její statistiky se neliší od klasické verze.